Prawdziwa nauka w Malawi: Niech żyją kundle!

[piotriola]

Panowie jak czytam wasze podziały to sam już nie wiem o co chodzi, nie dość że jest bajzel to wy to skutecznie komplikujecie.

Może napiszę jak ja to widzę

Mbuna - ryby roślinożerne przebywające na skałach

Aulonocara- wyodrębniona grupa do której podpięto Lethrinopsa, Tramitichromis ( trafne połączenie gdyż żywią się skorupiakami i larwami owadów)

Utaka- Copadichromis , Trematocranus ryby stadne odżywiające się planktonem.

Nie Mbuna - Otopharynx

Drapieżniki

Drapieżniki nie są częścią grupy Utaka, a Lethrinopsa nie można uznać za drapieżnika.

Trzeba pamiętać że podział w książce ,Back to Nature" Ad stworzył tylko dla tego wydania.

W każdej grupie istnieją wyjątki np. Sciaenochromis dla mnie to drapieżnik ale umieszczono go w innej grupie mimo że podano że żywi się rybami. Inni autorzy wspominają że ryba ta mylona jest z dwoma innymi gatunkami które odżywiają się bentosem, planktonem.

Ryby te w większości posegregował Ad. i raczej nie liczy się z opinią innych.

Zmiany w nazewnictwie ryb wprowadzają również zamieszanie i problem z klasyfikacją gatunku, podam przykład:

Cynotilapia Zebroides 1894

Cynotilapia Afra

Microchromis Zebroides

Dla mnie pod każdą nową nazwą powinna znajdować się poprzednia nieobowiązująca nazwa ryby, jak również grupa w której się znajdowała. Obecnie jest inaczej i stąd tyle nieporozumień.

Coś dla Olobolo, wypowiedź genetyka badającego Tanganikę i Malawi

,,Trudno dostrzec filogenetyczną historię pyszczaków jeziora Malawi"

Mogę tylko dodać, że z Tanganiką było im o wiele łatwiej.

pozdrawiam

[Olobolo]

@yaro

Więc porównanie DNA jest czymś super?

Więc co powiesz na podobieństwo DNA świni z DNA człowieka?

Jeszcze większe podobieństwo jest przy małpach.

Więc jeżeli ludzkie DNA podobne jest do zwierzęcego, to co tu wysuwać hipotezy i wnioski o podobieństwie DNA jednej ryby do drugiej.

Nie rozumiem, do czego nawiązujesz? Podobieństwo szympansa do człowieka można oszacować na około 1.5%. Co nie zmienia faktu, że biorąc pod uwagę tylko długość DNA, jest to 1.5% z 3 000 000 000 par zasad = 150 000 000 różnic w DNA !!!

A do tego dochodzą tzw CNV, insercje, delecje, większe aberracje chromosomowe (np. człowiek ma chromosom drugi jako połączone 2 chromosomy, które występuję jako odrębne u szympansa, goryla i innych naczelnych, ale nie u Neandertalczyka i u nas) inne zmienności.

Te półtora procenta decyduje o tym, że nie skaczemy po drzewach i nie bzykamy wszystkiego co popadnie za gałązkę

@pozner

Sposób zdobywania i rodzaj pokarmu to chyba trochę za mało, tym bardziej, że tak Lethrinopsy, jak i Copadichromisy, gdy tylko mają okazję, też zjadają ryby (narybek), jak i drapieżniki też nie pogardzą pewnie innym pokarmem niż ryby.

Ja kilka miesięcy temu umieściłem w Galerii zdjęcie Copadichromisa z 3-4-centymetrową mdoką w pysku.

Zgadzam się. Widzisz, tak to jest jak człowiek systematykę swoją wprowadza na podstawie tylko jemu „potrzebnych” kryteriów.

Systematyka, klasyfikacja, przynależność gatunkowa powinna nam, akwarystom dyndać koło ogona, którego pozbyliśmy się kilka milionów lat temu.Głównym i podstawowym powodem tego całego zamieszania jest konieczność nazwania jakoś tych ryb, tak jak nazywamy samochody i ich modele, telewizory i ich modele...itd, itp. Potrzebujemy tego, żeby wiedzieć co posiadamy, wiedzieć co kupujemy, wiedzieć o czym mówimy, lub piszemy. Pseudotropheus staje się Mailandią i odwrotnie...jakie to ma znaczenie?! Czasami wydaje mi się, że ci wszyscy badacze robiący to całe zamieszanie znaleźli sobie intratny sposób na życie.

Nic dodać, nic ująć!!!! Strzał w 10!

Co do kundli, to natura też tworzy nieudane krzyżówki i życie to szybko weryfikuje

Ależ cały czas! To jest naturalny proces. O ile pule genowe nie są są zbyt odrębne, to dochodzi do krzyżówek. Dobór naturalny szybko weryfikuje, czy to nowe coś przeżyje i da potomstwo.

Wiele ras psów, gdyby pozbawić opieki człowieka, szybko by wyginęła (Latlerki, Yorki i wiele, wiele innych), ale takich zwierząt sztucznie wyhodowanych przez człowieka, a nie przystosowanych do życia bez jego opieki, jest mnóstwo. W naturze do udanych krzyżówek dochodzi żadko, ale nie są niemożliwe. Najczęściej dochodzi do tego w zamkniętych, odizolowanych ekosystemach i dotyczy ras jednego gatunku, blisko ze sobą spokrewnionych (Malawi).

Brawo. Pozner! Nie jesteś czasami biologiem? Podam na szybko 2 przykłady mutantów, które bez człowieka nie dadzą rady:

krowa czyli bydło domowe (Bos taurus) - może i zime by przeżyła, jedzenie znalazłą, ale w starciu z wilkami, czy dzikimi psami nie miała by szans.

Jedwabnik morwowy (Bombyx mori) - jest takim mutantem, że jak spadnie z liścia morwy, to już na niego nie wlezie. "służy" człowiekowi, nic więcej.

@piotriola

Mbuna - ryby roślinożerne przebywające na skałach

a G. lawsi, C. zebroides I inne mięsożerne Mbuna?

Coś dla Olobolo, wypowiedź genetyka badającego Tanganikę i Malawi

,,Trudno dostrzec filogenetyczną historię pyszczaków jeziora Malawi"

Mogę tylko dodać, że z Tanganiką było im o wiele łatwiej.

Nie rozumiem dlaczego to dla mnie. Filogenetyka molekularna (o której cytat nic nie mówi, jest lepszą wersją filogentyki klasycznej (o której mówi cytat). Filogenetyka molekularna używa INNYCH metod od klasycznej. Tak jak pisałem – są to badania podobieństwa DNA, RNA I białek.

Każdy z nas się różni od siebie, Ja I Ty mamy nawet ponad 4 miliony różnych nukleotydów! Do tego dochodzą inne zmienności.

Zatem Twierdzisz, że analiza filogenetyczna na podstawie różnic w DNA nie wyłapie różnic w populacjach ryb w jeziorze Malawi?

Tam gdzie są różnice, zawsze można wyznaczyć macierz podobieństwa i drzewka podobieństwa

Jedyne z czym się mogę zgodzić, to z tym, że nie jest łatwo taka analizę w jeziorze Malawi przeprowadzić nawet gdybyśmy mieli sekwencje sporej liczby gatunków, interpretacja danych mogłaby być trudna właśnie przez to, że w większości te populacje się po prostu mieszają i ich pule genowe nakładają się. Być może to miałeś na myśli pisząc, że to do mnie, czyli, że mam rację a słowa genetyka to potwierdzają.

Jełsi możesz to podaj mi nazwisko tego genetyka i źródło wypowiedzi.

Pisałem Wam wcześniej, że DNA ryb z Malawi jest obecnie sekwencjonowane na olbrzymią skalę (jest na forum) Tam jeszcze byłem przeciwko krzyżówkom. Teraz jest mi raczej obojętne.

Jak będą dostępne sekwencje, to można ruszyć z analizą filogenetyczną. Jestem przekonany, że cała ta klasyfikacja Adrianusa Franciscusa Johannesa Marinusa Marii Koningsa zostanie wywrócona do góry nogami Oczywiście przesadzam, ale bardzo się zmieni. Zamiast ludzkiego oka to algorytmy będą określały co jest do czego podobne. Algorytmy się nie mylą. Muszą być tylko poprawnie napisane.

Isnieje tez szansa, że nigdy się nie dowiemy co drzemie w Malawi:)

Więc lepiej podziwiajmy te cudowne ryby zamiast dywagować nad ich nazwami

[suricade]

Nie rozumiem, do czego nawiązujesz? Podobieństwo szympansa do człowieka można oszacować na około 1.5%. Co nie zmienia faktu, że biorąc pod uwagę tylko długość DNA, jest to 1.5% z 3 000 000 000 par zasad = 150 000 000 różnic w DNA !!!

A do tego dochodzą tzw CNV, insercje, delecje, większe aberracje chromosomowe (np. człowiek ma chromosom drugi jako połączone 2 chromosomy, które występuję jako odrębne u szympansa, goryla i innych naczelnych, ale nie u Neandertalczyka i u nas) inne zmienności.

Te półtora procenta decyduje o tym, że nie skaczemy po drzewach i nie bzykamy wszystkiego co popadnie za gałązkę

Jakoś mi się wydawało, że jest 1,5 % różnicy a nie podobieństwa. :shock:

Rozumiem ,że klawiaturka się omsknęła .

[Olobolo]

heheheh no tak! Dziękuję za poprawkę! Ale oryginału nie poprawię niech będzie chociaż trochę śmiesznie

[yaro]

No to jeżeli genetyka między tak różnymi stworzeniami jak świnia, człowiek czy szympans daje 1,5% różnicy lub więcej to jaka różnica jest między redem a acei? na jakiej podstawie gdybać że jak coś ma tyle podobieństwa a nie tyle to jest to ten sam gatunek a jak 0,000001% będzie się różnił to już inny?

[Olobolo]

Yaro bierzesz np sekwencje genu p53 u reda i u acei i je porównujesz. Popularne jest używanie fragmentu mitochondrialnego DNA.

Możesz wsiąść ta sama sekwencje u 40 gatunków czy populacji. Możesz wsiąść nawet wszystkie pyszczaki czy pielegnice. Wazne jest natomiast umiejętne zaplanowanie analizy. Jutro wyjaśnię bo muszę lecieć po mikro akwa na rośliny

Twoje pytanie jest słuszne, a odpowiedz jest prosta zarazem.

Wiąże się ona z tym, co cały czas staram się Wam uświadomić.

Aby ustalić tzw klad czyli jakaś grupę, algorytm po prostu grupuje te sekwencje wg podobieństwa. Jak bede z rana miał dostęp do swojego komputera to Ci pokaże przykładowe drzewka. Te klady tylko czasami są tożsame z gatunkami dlatego tak nie lubię klasycznej systematyki. Jutro to Wam zobrazuje. A co ważne nie ma tylko tych kilku poziomów (rząd, gromada, rodzaj, itd) co w klasycznej systematyce, a jest ich tyle ile wynika z analizy.

[pozner]

Kilka cytatów:

"W pracy wydanej w 1942 Ernst Mayr zauważył, że badacze przyjmują różne metody klasyfikowania organizmów. Określił je jako różne koncepcje gatunku. Mayr wniósł największe zasługi dla sprecyzowania – sugerowanej wcześniej przez innych badaczy – biologicznej koncepcji gatunku (ang. Biological Species Concept, w skrócie BSC), w której gatunek to wszystkie populacje, których osobniki potencjalnie mogą się ze sobą krzyżować w warunkach naturalnych i wydawać płodne potomstwo[5][3] (kryterium płodnego krzyżowania).

Grupa ta jest izolowana od innych grup populacji, a geny poszczególnych osobników przekazywane są wyłącznie w obrębie tej grupy populacji. Jedna z nowszych definicji gatunku (Mayr, 1982) mówi, że gatunek to wspólnota rozrodcza populacji, izolowana rozrodczo od innych wspólnot, która zajmuje określoną niszę ekologiczną."

"Pozycja gatunku w układzie hierarchicznym (z uwzględnieniem kategorii pomocniczych) wygląda następująco.

rodzaj

podrodzaj

gatunek

podgatunek

odmiana

forma"

I najważniejsze:

" Zjawisko hybrydyzacji wśród zwierząt swobodnie występujących w naturze jest słabiej zbadane, tym niemniej wśród ptaków, które są pod tym względem najlepiej zbadana grupą zwierząt, 9%-16% gatunków hybrydyzuje. Ekologiczne i ewolucyjne znaczenie międzygatunkowej hybrydyzacji jest przedmiotem sporów. Niektórzy naukowcy uważają mieszańce za "ślepą uliczkę ewolucji", ponieważ mieszańce często są sterylne lub wykazują obniżoną płodność a ich dostosowanie jest zazwyczaj niższe od osobników gatunków rodzicielskich. Z drugiej strony zastosowanie metod molekularnych w badaniach populacyjnych i filogenetycznych wykazało, że epizody hybrydyzacji pozostawały w ścisłym związku z wieloma radiacjami adaptatywnymi (np. pielęgnic w Wielkich Jeziorach Afrykańskich, zięb Darwina na wyspach Galapagos. Hybrydyzacja międzygatunkowa miała znaczenie także w ewolucji naczelnych - jak się okazuje, introgresja allelu mikrocefalin z archaicznej linii hominidów miała pozytywny wpływ na ewolucję wielkości mózgu u nowoczesnego Homo sapiens."

[Olobolo]

Zacytowałes nie byle naukowca! komentarz zbędny

-- dołączony post:

Obiecane wyjaśnienie.

Poniżej mamy tzw drzewko filogenetyczne - wyliczone z różnic w sekwencji DNA, bądź białkowej. Szczegóły nie są istotne. To drzewko ma posłużyć jako żywy przykład, na czym to polega.

Grafika pochodzi z tego artykułu: http://rspb.royalsocietypublishing.org/content/274/1620/1867

Widzimy gatunki połączone gałęziami. Gałęzie połączone są węzłami. Te liczby nie są istotna dla naszych rozważań, ale w uproszczeniu oznaczają istotność węzła, czyli im większa liczba (maks 100) tym większa szansa, że węzeł (czyli spólny przodek) jest prawdopodobny. Poniżej 50 to jest tragedia:) Ale nie o tym chcę napisać.

Chce napisać o kladach. Widzicie to drzewo i jak byście zebrali w grupy te gatunki?

Widzicie coś ciekawego? Np. Copadichromis eucinostomus jest bardziej spokrewniony z O. pictus niż z innym Copadichromis (C. mbenjii).... I gdzie ta systematyka "na oko" ??

To jedna ważna sprawa. A druga: gdzie są te rodzaje, rzędy, gromady Oczywiście trochę przesadzam, bo tutaj obracamy się na poziomie rodzajów i gatunków. Niemniej jednak widzicie, że poziomów jest kilka a nie dwa. Dwa poziomy by były, gdyby to drzewo rozgałeziało się raz na rodzaje a potem drugi raz na gatunki a jak widać rozgałęzień jest wiele i dla różnych gatunków jest to różna ilość!!!!

Np. dla O. heterodon jest to 7 węzłów (czyli rozgałęzień), a dla O. pictus mamy 6!!! A dla R. esox mamy 1 !!!! Oczywiście gdyby przeanalizować wszystkie gatunki, populacje z Malawi to jeśli Rhamphochromis ma więcej gatunków/populacji niż 1, to węzłów byłoby więcej. itd. itd

A teraz te klady, czyli grupy.

Poniżej przedstawiam schemat wydzielenia kladów (kolor pomarańczowy i zielony)

Dlaczego tak? Abo tak mi się podobało:) Rozumiecie? Mogłem A. christyi wywalić z tego kladu pomarańczowego. Mogłem tez klad rozszerzyć do gatunków oznaczonych na zielono Zauwazcie że klad zielony to też klad fioletowy. Czyli klad zielony to fioletowy i pomarańczowy + 3 dodatkowe gatunki. To jest kwestia interpretacji!!!!

A ten klad fioletowy? Dlaczego tak? Bo tak Czy mogę go rozszerzyć do zielonego? Tak! A czy mogę go rozszerzyć o Protomelas fenestratus??? NIE! Bo nalezy on do innego kladu - lezy na innej gałęzi! Aby go włączyć do tego kladu fioletowego, musiałbym włączyć oprócz P. fenestratus także M. mola, P. johnstoni, oraz C. euchilus - bo klad ma jeden wspólny węzeł.

Dlatego to pole czarne nie jest kladem! Widac to jasno - nie ma wspólnego węzła. Żeby było kladem trzeba by było do jednego kladu wrzucić wszystko co jest ponad czarnym polem (wraz z tym polem).

Resztę drzewka pozostawiam Wam do zabawy

Nie chcę tłumaczyć przyrównywania sekwencji, o którym mówiłem, bo to jest znacznie bardziej skomplikowane. Ale jeśli chcecie to mogę spróbować.

Mam nadzieję że ten prosty przykład pokazuje głupotę systematyki. Aby była ona zgodna z prawdą należałoby dozwolić na różne jej poziomy. Jeśli ryby w Malawi są blisko spokrewnione, to pozwolić na uproszczoną systematykę bez np gatunku w niektórych przypadkach, albo dodać kolejne poziomy w razie potrzeby. A tak, ta sucha, konserwatywna systematyka jest o kant rozbił.

[eljot]

Nie wiem czy dobrze cię zrozumiałem ale wychodzi na to, że możesz grupować ryby jak ci się rzewnie podoba. Biorąc pod uwagę, że tylko 1,5 % różnic spowodowało iż nie mamy 12 sutków, zakręconego ogona i nie ryjemy w ziemi . Wszak wiadomo iż te ryby są w większym lub mniejszym stopniu spokrewnione;). Taka systematyka będzie jeszcze bardziej zagmatwana i niezrozumiała niż ta "tradycyjna", jeśli pozwolisz pozostanę przy starej

[Olobolo]

Innym razem postaram się udowodnić, że nie musisz się bać nowego podejścia

Klasyfikacja "na oko" jest po prostu błędna, jest do bani. Sami widzicie na tym drzewku chociażby jeden przypadek: Copadichromis. Mamy 2 gat określone przez klasyczną klasyfikację, która się po prostu rozjeżdża gdy analizujemy DNA. A dlaczego to właśnie DNA jest tą lepszą metoda, to już pisałem.

Inny przykład: człowiek kiedyś uważał walenie za ryby!!! Bo oceniał "na oko". A to tylko konwergencja, czyli ewolucja zbieżna

Tak samo było w przypadku nietoperzy!!!! Były uznawane za PTAKI!!!!!

Analiza oparta na DNA się aż tak nie myli. Zresztą nie znam takiego przypadku, a piszę "aż się tak nie myli" dla bezpieczeństwa, bo nie ma metod idealnych.