O terminologii i taksonomii słów kilka.

[harisimi]

Jakąkolwiek dziedzinę nauki byśmy wzieli to ma ona swoje zdania alternatywne . Definicja gatunku użyta przez olobolo jest teoretycznie ścisła i miarodajna:

Najlepszą definicją gatunku jest definicja, która mówi o tym, ze jeśli 2 organizmy dają płodne potomstwo to jest to gat.

ale idąc za Wikipedią:

Dotychczas nie opracowano całkowicie uniwersalnej definicji gatunku. Pierwsza z wymienionych definicji, choć powszechnie stosowana, nie jest ścisła – zawiera liczne wyjątki i rodzi trudności odzwierciedlające skalę złożoności zagadnienia.

... przykładowo pies, który dla części naukowców jest odrębnym gatunkiem, daje płodne potomstwo z wilkiem podobnie jest chyba w przypadku żbika i kota domowego. Odrębnymi gatunkami dla większości o ile nie dla wszystkich są żbiki i koty domowe a mają płodne potomstwo. Nie neguję oczywiście tym samym, że najbardziej ścisłym byłoby właśnie takie określenie gatunku i później układanie ewentualnie podgatunków i za taki podgatunek wilka cześć naukowców uważa psa domowego. Myślę, ze znalazłoby się tego sporo więcej ale bastardyzacja tak ew przypadku ryb jak i innych zwierząt nie wzbudza entuzjazmu więc jest dość słabo zbadana.

Wracając na podwórko malawisty. Należało by zwrócić uwagę na dwie rzeczy. Większość ryb nie jest opisana naukowo ( stąd tak wiele nazw hipotetycznych gdzie po nazwie rodzajowej pojawia się sp. i cudzysłów ) a ich przynależność opiera się na zachowaniach, czy wręcz wyglądzie a wiec tak na prawdę na domysłach. Ogromna różnorodność tych ryb nie pozwala na jednoznaczne przebadanie całej populacji i ścisłe naukowe jej usystematyzowanie. Kilka lat temu odtrąbiono, ze japończycy biorą się za systematyzowanie pielęgnic z wielkich jezior afrykańskich metoda genetyczną i jak na razie jest cisza. Nie wykluczam, że na tej podstawie ryby z Malawi to jeden wielki rodzaj no moze 2 czy 3 rodzaje . Nie ma to więc jakiegokolwiek znaczenia praktycznego. Nie ma szans aby naukowcy badający jezioro zgodzili się z takim werdyktem. Tym bardziej handlowcy. Co najwyżej zostało by Pseudotropheus pseudotropheus saulosi , Pseudotropheus melanochromis dialeptos , do niedawna istniał wszak Pseudotropheus tropheops tropheops . Ze wzgledu na bogactwo tych ryb wrzucenie ich w jeden wielki rodzaj po prostu mija się z celem. 900 Pseudotropheusów i weź to dookreśl . Nie jest jednak tak, że Edek czy Patrick tak se siedzą i wymyślają nazwy. Rodzaj aby był zatwierdzony wymaga dużego nakładu pracy i to naukowcy a nie pojedyncze osoby zgodnie z prawami panującymi przy systematyzacji gatunków uznają bądź nie dany rodzaj za dostatecznie wyodrębniony. Dlatego tez jako akwarysta a nie naukowiec zostawiam tą działkę mądrzejszym od siebie, choćbym czasem tak na oko się z nimi nie zgadzał :cool:.

Nie zgodzę się ze metody stosowane przez badaczy Malawi są prymitywne, nieskuteczne i po prostu błędne. Metody sa zbliżone do tych stosowanych przez innych naukowców. Jest to zestandaryzowane. Nie są na pewno bardziej prymitywne, nieskuteczne i błędne jak w przypadku innych rejonów świata czy innych zwierząt. Polacy ze swoją różnorodnością gatunkową wśród ryb na pewno mają mniej szans na pomyłki wszak cały zakres gatunkowy naszych ryb mieści sie w jednym rodzaju albo kawałku większego rodzaju u ryb z Malawi .

Olobolo i to nie my nadajemy nazwy . Nadają je badacze a naukowcy to weryfikują, często z dużym opóźnieniem. Dlatego tez przyjrzyj się jak są nadawane. Właśnie tak jak proponujesz w cudzysłowiu ale jednak w większości po łacinie. Ryb opisanych naukowo w sposób wymagany przez miedzynarodowe standardy jest o wiele mniej. Dlatego mamy i owszem Pseudotropheus saulosi ale i Pseudotropheus sp. "polit" czy Labidochromis sp. "mbamba". Tych drugich jest o wiele więcej.

To, że mamy w Malawi niezły burdel to fakt , związane jest bardziej z dynamiką odkrywania gatunków niż widzimisię Koningsa . Edek tylko nieliczną cześć zmian wprowadza sam a większość przejmuje bądź nie od innych np ostatnią rewizję rodzaju Melanochromis uznał na podstawie pracy Patricka Tawil. Francuza który napisał na ten temat prace naukową. uwierz mi, że tylko pospiech i bogactwo ryb sprawia, że wydaje się to upraszczane itp.

Nazewnictwo jest jednak bardzo potrzebne i choć może wyda ci się to niewiarygodne, może z czasem podobnie cześć z nas poczujesz, że zbyt uogólniono te nazewnictwo . Osobiście jestem troszkę zdegustowany np tym, że wszystkie drapiezniki wystepujące w wiekszości na obszarze całego jeziora zostały podzielone tylko rodzajowo i gatunkowo. Bardzo brakuje mi jeszcze podziału na warianty geograficzne. Dlaczego ? Ot choćby dlatego, że kupując np. Dimidiochromis strigatus możesz poczuć zawód bo to kupując ten gatunek nie wiesz czy jest on z okolic Mbamba czy chizumulu a to może okazać się bardzo brzemienne w skutki. Ryba z okolic chizumulu może być o niebo ładniejsza niż ta z okolic Mbamba Biedne predatory a wraz z nimi miłośnicy tych ryb są dyskryminowani. Tylko przy odłowie mogą czasem coś zobaczyć.

-- dołączony post:

W sumie zaciekawiła mnie ta tematyka i muszę przestudiować historię samego jeziora. Jest ona bujna z tego co pamiętam. Chciałbym wiedziec jak ewoluowały poszczególne grupy pyszczakow z Malawi.

To nie jesteś jedyny, informacje na ten temat są raczej skromne.

http://www.cichlids.republika.pl/ewolucja.swf

Nawet Edek w habitacie pisze, że bardzo by chciał to wiedzieć . Jednym z potencjalnych protoplastów Mbuna, mogłaby być Astatotilapia calliptera, choć Edek nie jest tego pewien i raczej przychyla się do tego, że jest ona najbliższa wspólnemu przodkowi wszystkich Mbuna . W praktyce wiem tylko tyle, że krzyżując się z Pseudotropheus saulosi daje płodne samice . U nabe wystąpił mezalians jak oddawał ryby to było mi szkoda tego ubić, wpuściłem 2 bastardy do akwarium w klubie a ze tam nie ma szans na to aby cokolwiek stamtąd wyszło na zewnątrz, bastard dorósł i sie wytarł z samcem Astatotilapia sp. "calliptera chizumulu". Jak do tej pory nie widziałem, żeby młode przeżyły. Nie wiadomo też jak jest z samcami i czy są one płodne.

[Olobolo]

Harisimi zgadzam się z Tobą we wszystkim, co napisałeś za wyjątkiem metodyki stosowanej przez systematyków To są ludzie starej daty i o filogenetyce molekularnej nie za bardzo wiedzą. Nauka ta zmodyfikowała nie jedno drzewo filogenetyczne Obaliła wiele błędnych tez. Np. wg filogenetyki molekularnej ptaki są częścią gadów, co jest na prawdę logiczne.

Wiesz dlaczego uważam metody "somatyczne" za błędne? Bo to oko ludzkie ocenia A filogenetyka molekularna bada różnice w DNA, RNA, białkach. Uwierz mi, że od 15 lat filogenetyka molekularna wypiera klasyczne metody klasyfikacji. Są oczywiście starzy ludzie kuroczowo trzymający się "lupy"

Anegdota:

Mieliśmy na studiach także ciekawą Panią dr od owej zoologi bezgkręgowców... Kazała nam na ćw liczyć włoski na łbie pchły kociej i psiej..... Po liczbie tych włosków można ponoć określić gat....

A znacie takie coś jak Acari? Są to roztocza.... Wyobraźcie sobie jak się badacze na nie rzucili, bo można publikacje napisać bo są tak do siebie podobne, że większość tylko po cyklach rozwojowych da sie poznać a różnorodność Acari jest niby ogromna, ale ile z tego to gatunki, tego nikt nie wie.

Są Naukowcy i naukowcy. Trzeba mieć oczy szeroko otwarte i wg. mnie nie można ślepo ufać w uznanym badaczom Malawi. Oni po prostu mogą się mylić... jak my wszyscy.

Ja natomiast ufam algorytmom, dlatego filogenetyka molekularna jest dla mnie prawie idealna metodą badania pokrewieństwa.

Odnośnie def. gatunku. Jak bym miał być z Wami zupełnie szczery, to dla mnie każda def. gat. jest prawdziwa tylko w określonych warunkach i dla określonego rodzaju organizmów. Generalnie to podana przeze mnie def. gat jest taką, z którą jeszcze mogę się zgodzić

Jestem zwolennikiem teorii Samolugnego Genu. Wg tej teorii gatunek to twór wybitnie ludzki. A jedyną i podstawową jednostką dziedziczenia są cząsteczki DNA kodujące jakiś łańcuch RNA. Zgodnie z tą teorią takie byty jak organizm, gatunek czy populacja to tymczasowe byty nazwane przez człowieka bo je widać, a jedynym bytem trwałym jest fragment DNA w uproszczeniu zwany genem. ale to już dyskusja na wiele godzin i nie na to forum

P.S. dlaczego czasami nie mogę dziękować ??? są jakieś limity?

[harisimi]

Tak są limity ale już nie pamiętam jakie ... tutaj powinieneś to znaleźć:

http://forum.klub-malawi.pl/reputacja-droga-slawy-itp-t20620p4.html?&highlight=reputacja

Co do filogenetyki molekularnej to mogę ci jedynie zaufać na słowo . Jednak tak poważnie pisząc, dla mnie metoda oparta na czymkolwiek będzie świetna, jeśli pójdą za tym prace dające praktyczna i czytelną systematykę ryb z jeziora Malawi, uznaną przez wszystkich i przez wszystkich stosowaną. Męka jest niesamowita gdy przychodzi mi odkodowywać ryby z cennika TM a to ma wymiar praktyczny. Patrzyłem na cennik przez rok i szukałem ryby która godnie zastąpi w moim baniaku będącego obecnie nie do kupienia Lethrinops lethrinus. Patrzyłem i widziałem Otopharynx granderus ale mimo, że 2-krotnie szukałem co to za stwór, to jakoś nie znalazłem, że to mój dawno wymarzony Placidochromis sp. "blue otter" . Tak wiec, precz z lupami i niech żyje filogenetyka molekularna, byle by się streszczała i jeszcze za mojego życia pozwoliła mi się przekonać, że można mieć cennik tożsamy z nazewnictwem w najlepszych bazach ryb .

[Olobolo]

Niestety.... Filogenetyka na początek wiecej zamiesza. Skoro Ci Japończycy chcieli się wziąć za Malawi i do tej pory nie zrobili tego, zatem cos musiało im stanąć na przeszkodzie.

Filogenetyka mie usystematyzuje odmian bo one często nie maja pokrycia genetycznego na szersza skale niż np jeden gen,P. Weźmy choćby kolor. Czasami za niego odpowiada tylko jeden gen. Jedna mutacja tego genu i masz zamiast Kadango inna odmianę.

Wydaje mi się, ze aby zrobić porządek z nazwami handlowymi i odmianami to należałoby zwołac konferencje Malawistow. Taki sobor koło Malawi:) na którym raz na zawsze zapadałyby decyzje

Albo lepiej: powołać zespół standaryzacyjny. To na prawdę działa w wielu dziedzinach (np. W informatyce jest masa grup standaryzacyjnych i to działa, np w3c, JADEC)

A nie ze jeden ustala tak a inny siak, a społeczność się dzieli.

Wydaje mi się tez, ze nazwy naukowe moga byc rdzeniem, a handlowe dodatkiem. Właśnie tym w cudzysłowiu.

Ludzie namieszali. To teraz muszą odkręcić.

Moze jak baza danych KM wystartuje to cos się rozjaśni.

[harisimi]

Kiedyś rozmawiałem z właścicielem jednej z hodowli. Przekonywał mnie, ze Konings coś tam sobie wymyśla ale widzę, że i u niego w ofercie coraz więcej przemianowane jest zgodnie z Koningsem ). Istnieje bowiem grupa naukowców w których głos wsłuchuje się Konings ale tych naukowców słuchają także inni. Na początku jak zobaczyłem, ze afra stała sie zebroidesem a bardzo popularne Melanochromis stało się pseudotropheus to miałem co najmniej mieszane uczucia . Jednak gdy się wczytałem to faktycznie Tawil za pewne ma racje a smukłe Melanochromis takie jak np johannii czy cyaneorhabdos trafiły do tej grupy tak troszkę na oko. Melanochromis joanjohnsonae faktycznie też bardziej przypomina Labidochromis . Zupełnie nie pasuje mi za to mój Mylochromis spilostichus bo to ryba bardzo przypominająca któregoś z małych drapieżników takich jak Stigmatochromis czy Sciaenochromis no ale to wszystko na moje oko i to bez lupy . Dlatego jeszcze kilka lat temu miałem duże nadzieje związane z japończykami i nie wykluczam, że badania trwają i skończa się jakimś naukowym tomiskiem, który spowoduje rewolucję w nazewnictwie. Czy jednak będzie zgoda w środowisku to nie wiem, pożyjemy zobaczymy.

[Olobolo]

Wiesz co... Poszukam w bazach danych czy juz nie jest cos zsekwencjonowane.

-- dołączony post:

Omg !!! Trzymajcie mnie bo dzisiaj nie zasnę. !!!!

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/?study=ERP002088

W skrócie!!! Sekwencjonuja i to na duża skale. Nie moge teraz wszystkiego wkleić ale jest cała masa Gatonkow w tym Copadichromis borleyi. Mało tego te dane sa publicznie dostępne i moge je jutro sciągnąć i złożyć sobie Genom borlejka bezcenne będę go mial przed tym jak bedzie w akwarium. Sekwencje uzyskuje sie we fragmentach bo nie ma technologi sekwencjonowanie całego DNA w jednym kawałku. Sa to fragmenty po 100-250 par zasad i należy jeż złożyć przy pomocy mega wydajnych komputerów. Przypadkowo mam taki

I powiem Wam ze nie byle centrum sie za ten projekt wzięło.... Tozto Welcome Trust.... Aż jestem w szoku.

Panowie.... Najprawdopodobniej najlepsze centrum genetyczne na świecie wzięło soę za sekwencjonowanie ryb z Malawi ! Jest to powód do dumy.

Z tego co widzę to genomy nie sa duze. Dane wielkości 5GB to nic w porównaniu do tego co mam na codzień (ponad 100GB)

Chyba mam robotę na wakacje

Także Panowie, z tego co widzę to dzieje się ostro. Obecinie sekwencjonije sie wszystko bo cena na prawdę jest przyzwoita. U mnie w labie sekwencjonowali ostatnio DNA krów ze srednidniowiecza.......

Szykujcie się na rewolucję w systematyce

[harisimi]

Spokojnie , spokojnie mają co robić bo to 800-900 gatunków ale cieszy, że to jednak trwa i że wziął się za to nie byle kto .

[Olobolo]

A tutaj ciekawy art:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3357950/#!po=41.0714

Rys 3 jest ciekawy.

Widac ze w Mbuna jest np Lethrinops:) a Copadichromis jest rozbity. Oni badali fragment mitochondrialnego DNA. jak przeczytam to się podzielę co tam wywnioskowali.

Takich art jest pewnie dziesiątki. Obiecuje ze je przeczytam i zdam relację. Teraz muszę ochłonąć. Rano ściągnę dane C. borleyi i postaram się na szybko je złożyć . Pewnie zakończy się to fiaskiem. Ale mam jeden pomysł jak sobie pomóc:) muszę znaleźć sekwencje referencyjna jakiejś blisko spokrewnionej ryby, której sekwencja jest poznana.

Dopiero Złożone genomy można poddać analizie filogenetycznej, ale do daaaaaleka droga:). Jednakże złożenie genomu to nie lada trudna sprawa, szczególnie jak jest dużo sekwencji powtórzonych. Ryby na szczescie nie maja ich jakoś szcżegolnie dużo. Tzn jeśli zapewne 40% można uznać że nie jest to dużo. Prawdziwe wyzwanie to genomy roślin. Tam sekwencje powtórzone stanowią czasami niemal cały (oczywiscie upraszczając) genom.

No nic, zobaczymy co w tych artykułach siedzi.

[Olobolo]

W skrócie... Ten art. zlinkowany przeze mnie jest niby ciekawy, ale czasopismo nie ma nawet impact factora, czyli miary wpływu na dziedzinę nauki (w uproszczeniu). Nie ufałbym takiemu art za bardzo.

Znalazłem inne.

W skrócie: rzeczywiście jest niezły genetyczny "bajzel" w jeziorze Malawi

Dla mnie najciekawszy jest fakt, że analiza tzw. pętli D w mitochondrialnym DNA daje inne wyniki niż analiza jądrowego DNA (pochodzącego z jądra komórkowego, a nie z jąder

Najlepiej będzie napisać taki prosty art/relacje z tego co w trawie piszczy, czyli co w świecie naukowym o pyszczakach z Malawi się pisze. Na razie nie wiem kiedy.... Jest sporo tych art i są bardzo intrygujące.

[harisimi]

Osobiście czekam z niecierpliwością.