Widzę takie rozwiązanie: dwie rury na dwa akwa > trójnik> pompa> trójnik> dwie rury (myślę że to w miarę jasne bo nie chce mi się rysować ). Rozwiązanie mniej skuteczne bo woda będzie mieszana w samej pompie, ale myślę że wystarczy. Oczywiście jest ryzyko przytkania którejś z rurek, więc możesz toto włączać jak jesteś w domu.
Najpewniejsze byłyby czujniki poziomu wody wyłączające pompy, w moim pierwotnym rozwiązaniu.
------------------------------------
Możesz też rozdzielić wlot czystej wody na dwa akawa i ew. regulować jej ilość na poszczególne baniaki.