i tu należałoby podzielić choroby na dwie grupy. Pierwsza to takie które zawsze są patogenne np. kulorzęsek - wtedy filtr powinien być tak samo zdezynfekowany jak cała reszta. Druga to takie które są wzglednie patogenne czyli powodują chorobę w momencie błędów żywieniowych, spadku odporności etc - wtedy IMO kubła nie ma sensu dezynfekować. Co do Twojej konkretnej sytuacji to ja zrobiłbym tak: jeżeli chorują Ci wszystkie ryby to kubeł bym zostawił w akwarium, jeżeli tylko niektóre to można go przenieść. Inna sprawa że zastosowany srodek może, ale nie musi wybić wszystkich bakterii w filtrze.